Les Agniers ou Mohawks constituent parmi la confédération iroquoise la nation qui est la plus hésitante, car elle se trouve la plus près des Anglais et craint de perdre son rôle d'intermédiaire entre ces derniers et les autres nations amérindiennes. De leur côté, les colonies anglaises voient d'un mauvais œil ces négociations. Considérant les Iroquois comme sujets anglais, ils trouvent que les Français outrepassent leurs droits en négociant un traité de paix séparé avec ceux-ci. Les pressions des Anglais de la colonie de New-York n'empêcheront pas le rapprochement entre les Français et les nations iroquoises. Frontenac maintient fermement sa politique, il continuera la guerre avec les Iroquois s'ils ne signent pas un traité avec les Français. Désobéissant aux ordres du roi de France, il maintient le fort Frontenac à l'entrée du lac Ontario à deux pas de l'lroquoisie. Toutefois, il ne verra pas l'aboutissement de son œuvre, car le vieux lion mourra en 1698. Son successeur Louis-Hector de Callière poursuivra avec la même détermination la politique de Frontenac.

C'est donc dans un climat d'incertitude que commencent les pourparlers de paix qui mèneront au traité de 1701. Malgré les interdictions du gouverneur de la colonie de New-York, des discussions s'engagent en 1699 entre le chef onontagué Teganissorens et Paul Lemoyne de Maricourt, un des quatre fils de Charles Lemoyne. La remise des prisonniers iroquois détenus en Nouvelle-France est au cœur des débats. Les Anglais aimeraient bien que les négociations se déroulent à Albany où ils pourraient servir d'intermédiaires. Toutefois, les Français maintiennent leur position: les négociations doivent se dérouler entre les Iroquois et les Français sans l'intervention des Anglais. Les Iroquois catholiques useront aussi de leur influence afin de faire pencher la balance en faveur des Français. Suivent alors de nombreuses consultations entre les cinq nations iroquoises. Les palabres ont lieu à Onontaé, la capitale de l'lroquoisie qui se trouve au cœur du pays des Onontagué. Les Anglais surveillent de près ces événements en y dépêchant des émissaires dont Peter Schuyler qui avait mené l'attaque contre La Prairie en 1691. Seulement quatre des cinq nations iroquoises sont favorables aux négociations de paix. Les Agniers (Mohawks) préfèrent se ranger du côté des Anglais. Pendant ce temps, arrivent d'Europe de mauvaises nouvelles pour Callière. Les rois de France et d'Angleterre ont d'un commun accord nommé des commissaires pour régler la question du statut des Iroquois. De plus, ils demandent tant à Callière qu'au gouverneur de New-York Bellomont de désarmer les Indiens et de maintenir la paix entre eux. Comme Frontenac dans le passé, Callière ne suivra pas la politique de Louis XIV à la lettre. Pour une fois que la Nouvelle-France a la possibilité de régler le problème iroquois, elle ne laissera pas passer une telle occasion. Le nouveau gouverneur reste ferme dans ses positions face aux Iroquois. Ce n'est pas la première fois que la politique échafaudée en Europe ne tient pas compte des réalités nord-américaines. Les Indiens alliés continuent donc à maintenir la pression sur les Iroquois en attaquant des groupes de chasseurs. Sans qu'on en ait la preuve, il est fort probable qu'ils soient encouragés par Callière.

C'est pendant l'été de 1700 que le sort du futur traité se décidera. La pression militaire soutenue tant au nord qu'à l'ouest par les nations alliées des Français a fait son œuvre. Voyant que les Anglais ne peuvent forcer la main des Français, quatre des nations iroquoises (Tsonnontouans, Goyogouins, Onontagués et Onneiouts) s'engagent résolument dans le processus de paix. Plusieurs rencontres ont lieu tant dans le pays des Iroquois qu'à Montréal. Au mois de septembre 1700, Callière donne rendez-vous aux nations amérindiennes pour l’année suivante. Un accord préliminaire est signé, prélude au document de la grande paix de 1701.