Les Iroquois, encouragés par les Anglais, ripostent en 1689 par l’attaque dévastatrice de Lachine et des environs de Montréal. Ce qui provoque alors une escalade des conflits d’autant plus que la France et l’Angleterre sont maintenant en guerre. Frontenac, qui est de retour cette même année, change la stratégie militaire de ses prédécesseurs en utilisant la méthode amérindienne de guérilla, stratégie à laquelle les Canadiens (Français nés au Canada) sont habitués. Cette nouvelle approche connaît un succès certain. Les Français attaquent en plein hiver Schenectady à l’ouest d’Albany ainsi que trois autres villages frontaliers de la Nouvelle-Angleterre. Les Anglais organisent des expéditions par terre et par mer en attaquant Québec et le sud de Montréal en 1690 ainsi que La Prairie en 1691.

Des années de guerres incessantes ont maintenant épuisé les nations iroquoises qui ne veulent plus servir de mercenaires pour les Anglais.  Le nombre de leurs guerriers est passé de 2 550 en 1689 à 1 230 en 1698. Selon la compréhension de Frontenac, le traité de Ryswick qui met fin à la guerre de la ligne d’Augsbourg signé entre la France et l’Angleterre en 1697 n’inclut pas les nations iroquoises. Interprétation que le gouverneur Bellomont de la colonie de New-York ne partage pas. Les tentatives des Français pour négocier une paix séparée avec les nations iroquoises seront vivement contestées par les autorités coloniales anglaises qui useront de toute leur influence auprès des Iroquois pour faire avorter le projet. Le point en litige est de première importance pour l’avenir des nations européennes en Amérique du Nord. Les Iroquois forment-ils des nations indépendantes ou sont-ils sous juridiction anglaise? Les Français ont tout à gagner de la neutralité des Iroquois lors des prochains conflits entre la France et l’Angleterre. Pour les Anglais, les Iroquois leur servent de rempart contre l’ennemi français. Les Iroquois pris entre les deux puissances européennes hésitent longuement avant de s’engager dans un processus de paix avec les Français. De nombreuses tractations auront lieu pendant les trois années précédant le traité de 1701. Finalement, les Iroquois doivent se rendre à l’évidence, face à la coalition des Français et de leurs nombreux alliés amérindiens, ils ont perdu l’avantage qu’ils avaient dans la première moitié du 17e siècle. De plus, ils s’aperçoivent que les Anglais se servent d’eux comme mercenaires et qu’ils ne les soutiennent pas toujours comme promis lors des conflits. Voilà pourquoi les Cinq-Nations sont maintenant plus que jamais prêtes à négocier la paix avec les Français.

Les ambassadeurs des Cinq-Nations relancent donc le processus de négociation en 1699 qui mènera au traité de 1701. Les Français ont avantage à négocier la paix avec la confédération iroquoise, car ils savent très bien que la guerre va incessamment reprendre avec l’Angleterre. Ils veulent s’assurer de la neutralité des Iroquois lors du prochain conflit. Toutefois, les alliés amérindiens ne sont pas aussi favorables, car ils sont maintenant en position de force face à leur vieil ennemi. De plus, ils doutent de la sincérité des démarches des Iroquois, mais d’un autre côté, ils ont peur que les Français signent une paix séparée avec la confédération iroquoise. Les nations des Grands Lacs ne peuvent se permettre de perdre l’appui des Français qui leur ont assuré la suprématie militaire sur les Iroquois. On voit donc apparaître les deux points principaux sur lesquels se dérouleront les futures négociations : l’inclusion des nations alliées aux Français dans le traité et la neutralité des Iroquois dans un futur conflit entre la France et l’Angleterre. En respectant l’indépendance des nations iroquoises, les Français possèdent un avantage sur les Anglais qui voient ces dernières comme faisant partie de leur juridiction.